Pada saat ini Universitas Muria Kudus telah memiliki 6 fakultas yang terdiri dari program studi sebanyak 15 program studi S1 dan 3 program studi S2.
Adapun daftar program studi adalah sebagai berikut:
- Fakultas Ekonomi
- Fakultas Hukum
- Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan
- Fakultas Pertanian
- Fakultas Teknik
- Fakultas Psikologi